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灵芝转录因子同源蛋白生物信息学分析及转录表达特性研究

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[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础.[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白.对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析.通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化.[结果]经数据库比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2 H2保守结构域的同源蛋白数量最多,分别为61、55和40个.进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组.染色体定位结果显示,Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr 13上的最少.亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多,分别为108和78个.乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1在乙酸处理后转录水平显著下调;含有C2 H2结构域的GL16029_R1以及含有Zn2Cys6结构域的GL17627_R1、GL16724_R1和GL21326_R1在乙酸处理后转录水平显著上调.[结论]灵芝转录因子家族分类较多,分布较广,其中分属于TEA、C2 H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理.
Bioinformatics analysis and expression characteristics of homologous proteins of transcription factors based on Ganoderma lucidum genomic information

刘笑天、仇昊、田莉、师亮、任昂、赵明文、谢荣

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南京农业大学生命科学学院,江苏 南京210095

西藏自治区农牧科学院蔬菜研究所,西藏 拉萨850032

灵芝 基因组 转录因子 生物信息学 乙酸 转录组

中央高校基本科研业务费专项西藏自治3区自然科学基金

KYYZ202002ZRKX2019000251

2022

10.7685/jnau.202109006

南京农业大学学报
南京农业大学

南京农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.939
ISSN：1000-2030
年,卷(期)：2022.45(2)
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