内蒙古大学学报(自然科学版)2024,Vol.55Issue(6) :652-662.DOI:10.13484/j.nmgdxxbzk.20240611

基于空间转录组学数据的空间域识别算法综述

A Review of Spatial Domain Identification Algorithms Based on Spatial Transcriptomics Data

冯振兴 尚文婧 司佳宝 龙春伸 孔令娇 左永春
内蒙古大学学报(自然科学版)2024,Vol.55Issue(6) :652-662.DOI:10.13484/j.nmgdxxbzk.20240611

基于空间转录组学数据的空间域识别算法综述

A Review of Spatial Domain Identification Algorithms Based on Spatial Transcriptomics Data

冯振兴 1尚文婧 1司佳宝 1龙春伸 2孔令娇 1左永春2
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作者信息

  • 1. 内蒙古工业大学理学院,呼和浩特 010051
  • 2. 内蒙古大学生命科学学院,呼和浩特 010021
  • 折叠

摘要

空间转录组学数据在保留空间信息的同时,提供了全面的基因表达谱.开发计算方法整合数据中的多模态信息识别组织内复杂的层次结构,并进一步解析相关生物学过程的动态和机制是该领域的关键任务.本综述细致地总结了相关算法的计算原理、常用数据和评价准则,突出了不同算法的优势、局限性及适用范围.这些发现不仅为新算法的开发提供了理论基础和较全面的方法学视角,还指明了算法改进的方向.

Abstract

Spatial transcriptomics data provide detailed gene expression profile while maintaining spatial resolution.Developing computational methods to integrate the multimodal data to identify intricate hierarchical structures within tissues and elucidate the dynamics and mechanisms of related biological processes is a crucial task in this field.This review comprehensively outlines the computa-tional principles of relevant algorithms,surveys commonly used datasets,and establishes evaluation criteria,emphasizing the strengths,limitations,and applicability of different algorithms.These insights provide a thorough methodological framework for the development of new algorithms,while also highlighting potential avenues for future improvements.

关键词

空间转录组学/识别空间域/聚类

Key words

spatial transcriptomics/identifying spatial domains/clustering

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出版年

2024
内蒙古大学学报(自然科学版)
内蒙古大学

内蒙古大学学报(自然科学版)

CSTPCD
影响因子:0.346
ISSN:1000-1638
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