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洋草麦HdCAD基因的克隆与生物信息学分析

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[目的]克隆洋草麦肉桂醇脱氢酶基因(HdCAD),揭示HdCAD基因的序列特性,对HdCAD蛋白进行生物信息学分析.[方法]以洋草麦转录组数据中的HdCAD为参考序列,设计1对特异引物,利用RT-PCR技术克隆HdCAD基因;利用生物信息学软件对HdCAD基因序列进行分析,对HdCAD蛋白的理化性质、蛋白结构、亚细胞定位等进行预测和系统进化树分析.[结果]HdCAD基因编码区全长1071 bp,共编码356个氨基酸.HdCAD蛋白含有17个磷酸化位点,不含有跨膜结构域和信号肽位点,预测定位在细胞质中;二级结构中,以无规卷曲元件占比最高;含有1个典型的CAD1结构域,属于MDR超家族.系统进化树分析结果显示,HdCAD蛋白与二粒小麦、节节麦、西藏裸大麦亲缘关系最近.[结论]该试验成功克隆HdCAD基因、预测了该基因编码蛋白的序列特征和功能,可以为今后研究洋草麦抗非生物胁迫功能提供参考.
Cloning and Bioinformatic Analysis of HdCAD Gene in Hordeum distichon

郝丽芬、房永雨、孙林、赵俊利、史志丹、詹鹤年、丁海君

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内蒙古自治区农牧业科学院,内蒙古 呼和浩特 010031

洋草麦 肉桂醇脱氢酶 基因克隆 生物信息学分析

内蒙古自治区农牧业创新基金内蒙古自治区自然科学基金与内蒙古农牧业科学院青年联合基金

2020CXJJM092016MSLH0305

2021

10.12160/j.issn.1672-5190.2021.03.002

畜牧与饲料科学
内蒙古自治区农牧业科学院

畜牧与饲料科学

CSTPCD
影响因子：0.332
ISSN：1672-5190
年,卷(期)：2021.42(3)
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