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杉木木材形成功能基因内SSR标记的开发及应用

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开发一套基于杉木(Cunninghamia lanceolata)木材形成相关功能基因的SSR标记,可为后续木材材质性状的分子标记辅助育种提供重要工具.本研究对参与杉木木材形成的10个基因序列进行SSR位点和引物设计,应用毛细管电泳检测引物的有效性和多态性,使用TAASEL(trait analysis by association,evolution and linkage)软件进行SSR位点组合间连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)及其与木材密度的关联分析.在与木材形成相关的7个功能基因中共检测到15个SSR位点.碱基重复形式有二碱基、三碱基、四碱基与六碱基,其中三碱基重复位点所占比例为46.7％.依据SSR位点两侧的保守序列设计了14对PCR扩增引物,其中有7对引物的扩增结果呈现多态性.结合已有的表达序列标签(expressed sequence tag,EST)-SSR数据进行LD分析,检测到644个SSR位点组合皆存在一定程度的LD(D'≠0),其中D'值大于0.5的组合有183个.关联分析发现来自杉木纤维素合成酶基因(C.lanceolata cellulose synthase 3,ClCesA3)5'非翻译区(5'untranslated region,5'UTR)的CLSSR4位点与杉木木材密度极显著关联(P＜0.01),该位点对性状变异的解释率为26.07％,且相应等位变异A201和A205对木材密度分别表现为增效和减效效应.本研究共设计筛选出了7对功能基因SSR多态性引物,其中来源于ClCesA3基因5'UTR的SSR位点与杉木木材密度显著关联,为分子标记辅助杉木木材性状改良提供了重要的标记和途径.
Development and Application of SSR Loci from Functional Genes Involved in Wood Formation in Cunninghamia lanceolata

杭芸、俞金健、周世水、程健弘、黄华宏、林二培、童再康

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浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室,临安311300

浙江省开化县林场,开化324300

杉木 木材形成 基于功能基因的SSR标记 关联分析

浙江省农业新品种选育重大科技专项国家重点研发计划项目

No.2016C02056-5和No.2017YFD0600201

2019

农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
年,卷(期)：2019.27(1)
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