首页|毛竹锌指同源结构域基因家族全基因组鉴定及表达分析

毛竹锌指同源结构域基因家族全基因组鉴定及表达分析

扫码查看
原文链接
  • 国家科技期刊平台
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
锌指同源结构域(zinc finger-homeodomain，ZF-HD)是一种同源异形盒蛋白家族，是植物特有的一类转录因子，在植物生长发育和响应非生物胁迫中发挥着重要作用。为探究ZF-HD基因家族在毛竹(Phyllostachys edulis)生长发育中的功能，基于毛竹基因组和相关转录组数据，运用生物信息学的方法，分析ZF-HD家族的理化性质、系统进化关系、基因蛋白结构以及表达模式等。研究结果表明:毛竹基因组中含有23个ZF-HD成员，其中内含子数较少(1～2个)，基因结构和基序均相对保守。该家族蛋白序列存在不同结构域，含有可以和DNA结合的同源域(homeodomain，HD)和锌指(zinc-finger，ZF)两个结构域;系统进化树显示ZF-HD家族可分为6类亚族;结合多序列比对和同源模建分析结果，毛竹ZF-HD属于C2H2类型的类锌指结构域超基因家族。上游启动子序列中含有多个激素应答相关顺式作用元件;共线性分析可知毛竹与水稻(Oryza sativa)之间的共线性关系高于毛竹与拟南芥(Arabidopsis thaliana)之间的共线性关系，且存在基因复制倍增事件;结合基因本体(Gene Ontology，GO)富集，分析不同激素处理条件下以及笋芽发育不同阶段RNA-seq数据，发现毛竹ZF-HD可响应外源赤霉素(gibberellin，GA)和萘乙酸(naphthalene acetic acid，NAA)的调控;笋期部分基因家族成员的高表达，提示其可能参与了竹笋快速生长发育过程。本研究结果将有助于揭示ZF-HD基因家族在毛竹快速生长发育中的生物学功能。
Genome-wide Identification and Expression Analysis of Zinc Finger Homologous Domain Gene Family in Phyllostachys edulis

马瑞芳、陈家璐、刘笑雨、朱丰晓、阮诗雨、喻珮瑶、张智俊

展开 >

浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室/林业与生物技术学院,杭州311300

毛竹 锌指同源结构域(ZF-HD) 转录因子 基因分析 功能鉴定

国家自然科学基金浙江省自然科学基金

31770721LY14C160009

2020

农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
年,卷(期)：2020.28(4)
  • 4
  • 37