摘要
环状RNA(circular RNA,circRNA)作为竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)在细胞分化调控中发挥着重要作用.circRNA和其相关的ceRNA调控网络在鸡(Gallus gallus)前脂肪细胞分化中的功能和调控机制尚不清楚.本研究利用RNA-seq技术分析了鸡前脂肪细胞分化过程中circRNAs、miRNAs和mRNAs的表达,利用生物信息学方法筛选差异表达circRNAs、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和mRNAs,并构建circRNA相关的ceRNA调控网络,筛选重要的circRNA相关ceRNA调控关系对.结果显示,在鸡前脂肪细胞中鉴定到4904个circRNAs,在前脂肪细胞分化过程中分别筛选到143、145和660个差异表达的circRNAs、miRNAs和mRNAs.基于基因表达相关性分析和靶关系预测,成功构建了circRNA相关的ceRNA网络,并利用qRT-PCR筛选到12个候选circRNA-miRNA-mRNA关系对,其在鸡前脂肪细胞分化中可能发挥重要调控作用.本研究为进一步解析circRNA调控鸡脂肪沉积的机理提供了参考,同时丰富了鸡脂肪沉积遗传调控理论.
基金项目
国家现代农业产业技术体系(CARS-41)
扬州大学大学生科创基金(X20190632)
江苏省自然科学基金青年基金(BK20180909)
江苏省高校优势学科建设工程()
教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室开放课题(JILAR-KF202016)
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