农业生物技术学报2021，Vol.29Issue(9) ：1722-1732.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2021.09.007

奶牛HSF1基因可变剪接体克隆及生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of Alternatively Spliced Variants of HSF1 Gene in Dairy Cattle (Bos taurus)

齐颖 张一名 赵梦芸 黄美琦 郭月美 储明星 李秋玲
农业生物技术学报2021，Vol.29Issue(9) ：1722-1732.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2021.09.007
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奶牛HSF1基因可变剪接体克隆及生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of Alternatively Spliced Variants of HSF1 Gene in Dairy Cattle (Bos taurus)

齐颖 1张一名 1赵梦芸 1黄美琦 1郭月美 1储明星 2李秋玲1
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作者信息

  • 1. 廊坊师范学院生命科学学院/河北省动物多样性重点实验室,廊坊065000
  • 2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所/农业农村部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室,北京100193
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摘要

热休克转录因子1(heat shock transcription factor 1,HSF1)是启动热休克蛋白基因表达的重要转录因子,对其进行深入研究有助于阐明HSF1对热应激反应的调控机制.本研究采用反转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)技术对中国荷斯坦奶牛(Bos taurus)HSF1基因全长CDS进行克隆,并采用生物信息学技术分析其编码蛋白的生物学特性.结果显示,奶牛HSF1基因的3种剪接体被成功克隆,即HSF1-AS1(GenBank No.MW401766)、HSF1-AS2(GenBank No.XM_005215151.4)和HSF1-AS3(GenBank No.MW401767),剪接方式分别为外显子跳跃、内含子保留和可变的3'端位点.开放阅读框分析发现,HSF1的3种剪接体分别编码311、553和517个氨基酸.对本实验室前期的乳腺组织RNA-seq数据进行分析,结果显示,HSF1-AS2剪接体表达量最高(P<0.01),HSF1-AS1表达量最低(P<0.01).qRT-PCR检测结果显示,热应激使乳腺上皮细胞HSF1-AS1和HSF1-AS2表达水平显著上调.对剪接因子结合位点进行分析,发现HSF1基因第11外显子的SNP(18959 C>T)恰巧处于一个潜在的外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)区域,可能与HSF1-AS3的形成有关.基因进化分析发现,牛HSF1氨基酸序列与山羊(Capra hircus)同源性较高.本研究为深入阐明HSF1基因表达调控机制提供参考依据.

关键词

奶牛/热休克转录因子1基因(HSF1)/可变剪接/热应激/生物信息学

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基金项目

出版年

2021
农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
被引量1
参考文献量1
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