摘要
黑番鸭(Cairna moschata)是优良的瘦肉型肉鸭,耐旱、耐粗饲,在养禽业中具有重要价值和特殊地位;但是就巢性强、繁殖力低,严重制约其产业发展.本研究分别采集就巢期和产蛋期各3只黑番鸭的卵巢组织,以TRIzol法提取卵巢组织总RNA,构建文库并分析2组miRNA的差异表达;随后对miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析;最后通过qPCR验证高通量测序结果的可靠性.结果显示,测序产出的原始数据(raw reads)均超过11099443条,过滤后序列所占比例均高于96.15％,可用于后续分析;经比对鉴定获得344个miRNAs,包括275个已知miRNAs和69个新发现的miRNAs;与产蛋期比较,就巢期黑番鸭卵巢组织中筛选到16个差异miRNA,其中5个上调、11个下调,并预测到440个靶基因,其中生长激素促分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)、卵泡抑素(follistatin,FST)等靶基因与繁殖及卵巢发育相关,推测其对应的gga-miR-16c-5p、gga-miR-146a-3p、novel_247、novel_325等miRNAs可能与黑番鸭就巢性状相关;GO富集分析表明,与繁殖发育相关的过程有染色体组织(chromosome organization)、核染色体(nuclear chromosome)、纺锤体微管(spindle microtubule)、核酸结合(DNA binding)和核苷酸激酶活性(nucleotide kinase activity)等;KEGG通路注释结果显示,234个靶基因注释到101个信号通路上,包括Wnt和胰岛素信号通路等可能与生殖细胞增殖分化及发育相关的通路.qPCR验证结果显示,上调和下调miRNAs的相对表达量变化趋势均与高通量测序结果一致.本研究筛选了黑番鸭就巢性状关键miRNAs,为从转录或转录后调控层面分析黑番鸭就巢机制、加快高产新品系的选育提供基础资料.
基金项目
国家重点研究发展计划(2017YFE0122000)
国家自然科学基金(U1803232)
国家自然科学基金(31670026)
国家自然科学基金(31470156)
福建省自然科学基金(2021J01483)
福建省省属公益类项目(2020R10260016)
福建省现代家禽产业技术体系项目(2019-2022)()
福建省农科院科技创新团队项目(CXTD2021006-2)
福建省5511协同创新工程项目(XTCXGC2021008)
福建省农业科学院英才项目(YC20210046)
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