农业生物技术学报2022，Vol.30Issue(7) ：1314-1320.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2022.07.008

青海高原型牦牛SCD基因SNP及单倍型与生长性状的关联性分析

Correlation Analysis of SNP and Haplotypes of SCD Gene with Growth Traits in Qinghai Plateau Yak (Bos grunniens)

祁增源 高占红 周建强 韩银仓 刘秀 孙永刚
农业生物技术学报2022，Vol.30Issue(7) ：1314-1320.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2022.07.008
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青海高原型牦牛SCD基因SNP及单倍型与生长性状的关联性分析

Correlation Analysis of SNP and Haplotypes of SCD Gene with Growth Traits in Qinghai Plateau Yak (Bos grunniens)

祁增源 1高占红 2周建强 1韩银仓 2刘秀 1孙永刚2
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作者信息

  • 1. 甘肃农业大学动物科学技术学院/甘肃省草食动物生物技术重点实验室,兰州730070
  • 2. 青海省畜牧兽医科学院,西宁810016
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摘要

硬脂酰辅酶A去饱和酶(stearyl-CoA desaturase,SCD)是牦牛(Bos grunniens)体内单不饱和脂肪酸(monounsaturated fatty acid,MUFA)生物合成的关键酶,对脂质合成和氧化的动态平衡调节过程有着重要的作用.为探索青海高原型牦牛SCD基因多态性及其与生长性状的关联性,通过DNA测序法进行基因的多态性分析,应用连锁不平衡分析和一般线性模型(general linear model,GLM)进行关联性分析.结果表明,SCD基因第3内含子上存在2个SNP(g.6614C>A和g.6660C>T),其中g.6614C>A上存在2种基因型,g.6660C>T上存在3种基因型;χ2检验表明,g.6614C>A处于哈代温伯格(Hardy-Weinberg)平衡状态,g.6660C>T处于不平衡状态,且g.6614C>A为低度多态(PIC<0.25),g.6660C>T为中度多态(0.50>PIC>0.25).与生长性状关联性分析发现,g.6614C>A位点上CA基因型的体重、体高、体斜长和管围显著高于CC基因型(P<0.05),而胸围与CC基因型差异不显著.g.6660C>T位点上TT基因型个体的体长与CT和CC基因型差异不显著,体重、体高和胸围显著高于CC和CT基因型(P<0.05),管围极显著高于CC基因型(P<0.01).单倍型和连锁不平衡分析发现2个位点存在4种单倍型,位点间不存在强连锁性(r2=0.027).组合单倍型分析发现,H1H3为最优组合单倍型.综上,SCD基因多态性与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因,本研究为提高牦牛选种效率提供参考.

关键词

高原型牦牛/硬脂酰辅酶A去饱和酶基因(SCD)/DNA测序/生长性状

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基金项目

出版年

2022
农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
被引量1
参考文献量9
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