农业生物技术学报2022，Vol.30Issue(9) ：1763-1770.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2022.09.010

基于转录组测序的ITGAD基因InDel位点鉴定及其与山羊生长性状的关联性分析

Identification of InDel Locus of ITGAD Gene Based on Transcriptome Sequencing and Its Association with Goat (Capra hircus) Growth Traits

吴贤锋 王金宝 刘远 池春梅 黄勤楼 李文杨
农业生物技术学报2022，Vol.30Issue(9) ：1763-1770.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2022.09.010
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基于转录组测序的ITGAD基因InDel位点鉴定及其与山羊生长性状的关联性分析

Identification of InDel Locus of ITGAD Gene Based on Transcriptome Sequencing and Its Association with Goat (Capra hircus) Growth Traits

吴贤锋 1王金宝 2刘远 1池春梅 2黄勤楼 1李文杨1
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作者信息

  • 1. 福建省农业科学院畜牧兽医研究所,福州350000
  • 2. 宁德市农业科学研究所,福安355017
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摘要

β2整合素αD(β2 integrinsαD,ITGAD)是一种异二聚体细胞表面受体的亚基,在调控脂肪新陈代谢和血糖平衡中发挥重要作用.为了加快山羊(Capra hircus)生长性状选育的遗传进展,为山羊生长性状的标记辅助选择(marker assisted selection,MAS)提供理论依据,本研究利用DNA池技术和高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析技术,检测了ITGAD基因在3个山羊品种(共355只)的插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)多态性,并分析其与山羊生长性状之间的关联效应.结果表明,检测到1个山羊ITGAD基因第15个内含子的新InDel位点(NC_030832.1:g.15243_15244 ins C),其多态信息含量(PIC)为0.289～0.369,并且该位点在3个品种中都处于哈迪-温伯格平衡状态;在与生长性状的关联分析中,该位点与福清山羊的尻宽和简阳大耳羊的体高、体长和胸围均显著相关(P<0.05),与简阳大耳羊的胸深、胸宽、管围、尻宽和管围指数极显著相关(P<0.01),并且II基因型个体显著优于DD基因型.本研究发现ITGAD基因InDel位点与山羊生长性状有显著的关联效应,为山羊生产性状的分子遗传标记选择提供参考依据.

关键词

山羊/β2整合素αD/(ITGAD)基因/插入缺失(InDel)/高分辨率熔解曲线(HRM)/生长性状

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基金项目

出版年

2022
农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
被引量1
参考文献量4
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