摘要
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)已知参与脂肪形成,但是其分子机制仍未明确.为进一步探索lncRNAs在脂肪沉积过程中的潜在作用,为肉牛(Bos taurus)改良提供理论基础,本研究利用高通量RNA测序技术在南阳牛和皮南牛背脂中共鉴定了3040个lncRNAs,其中两种牛共同表达的lncRNAs有3008(98.9％)个.特征性分析发现,大多数(66.02％)lncRNAs长度集中在1000～2500 bp之间,且在所有染色体中均有分布;差异性表达分析显示,皮南牛与南阳牛相比共有67个差异表达的lncRNAs,其中32个上调,35个下调.GO分析结果显示,差异表达的lncRNAs主要富集在脂类转运过程、膜的组成成分、脂质抗原结合等相关生物过程.KEGG通路分析显示,这些差异表达的lncRNAs基因主要富集在甘油磷脂代谢、醚脂代谢、甘油酯代谢、碳水化合物消化吸收等通路.为了探究lncRNA作用机制,初步构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,结果发现,LOC104972839/LOC107131703-miR-27b-磷脂酶A2组IVF(phospholipase A2 group IVF,PLA2G4F)/包含2A的主要促进子超家族结构域(major facilitator superfamily domain containing 2A,MFSD2A)可能与脂肪酸降解及脂肪沉积有重要关联,可作为候选目标进行脂肪发育机制研究.为了检测测序结果的可靠性,利用qRT-PCR进行表达水平鉴定,并利用在线软件进行编码能力预测,结果显示,差异表达lncRNAs表达水平与测序结果一致,且编码能力很低.本研究为脂肪沉积相关的lncRNA的发现和注释提供了新的见解,并为进一步阐明牛脂肪沉积的分子调控机制提供依据.
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