摘要
信使RNA(messenger RNA,mRNA)在调节骨骼肌发育的复杂动态网络中扮演重要角色.新西兰兔(Oryctolagus cuniculus)从胎儿到成年骨骼肌mRNA的作用尚不清晰.为筛选出与不同阶段新西兰兔骨骼肌发育相关的通路及候选基因,本研究选取新西兰兔2周龄胚胎、6周龄幼兔和6月龄成年兔的腿部肌肉进行转录组测序,分析差异mRNA及其潜在调控作用并通过qPCR进行验证.结果显示,共鉴定出12845个mRNA,其中1891个mRNA在3个发育阶段差异表达.胚胎组和幼年组之间有929个差异表达基因(上调393个,下调536个);胚胎组和成年组有938个差异表达基因(上调449个,下调489个);幼年组和成年组有24个差异表达基因(上调9个,下调15个).GO富集分析显示,胚胎组与幼年组的差异转录本与横纹肌收缩和骨骼肌收缩相关.幼年组和成年组的差异转录本与轴突延伸正调控、细胞生长正调控相关.KEGG分析结果显示,胚胎组与幼年组的差异转录本主要富集在PI3K/AKT信号通路、FoxO信号通路和AMPK信号通路.幼年组和成年组的差异转录本富集到控制肌肉生长发育的cGMP-PKG信号通路和HIF-1信号通路.qPCR验证了随机选取的10个差异基因的表达量与RNA-seq的分析结果一致.在胚胎组和幼年组中获得了ARG2、ATPTA2、TPM1、PRKAG3、PRKAA2和FoxO3等肌肉发育相关基因,在幼年组和成年组中获得了GOLGA4和PFKFB3等肌肉生长相关基因.本研究筛选了与新西兰兔骨骼肌发育的相关基因及相关通路,为后续研究新西兰兔骨骼肌发育提供了一定的理论依据.
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