农业生物技术学报2023，Vol.31Issue(2) ：383-392.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2023.02.016

用于灰茭鉴别的菰黑粉菌SNP位点挖掘及验证

Mining and Verification of SNP Loci of Ustilago esculenta Used for Grey Jiaobai Identification

吴骏成 葛鑫涛 杨梦飞 叶子弘 夏文强 汤近天 俞晓平 张尚法 张雅芬
农业生物技术学报2023，Vol.31Issue(2) ：383-392.DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2023.02.016
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用于灰茭鉴别的菰黑粉菌SNP位点挖掘及验证

Mining and Verification of SNP Loci of Ustilago esculenta Used for Grey Jiaobai Identification

吴骏成 1葛鑫涛 2杨梦飞 3叶子弘 1夏文强 1汤近天 1俞晓平 1张尚法 3张雅芬1
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作者信息

  • 1. 中国计量大学生命科学学院/浙江省生物计量与检验检疫技术重点实验室,杭州310018
  • 2. 杭州仟源保灵药业有限公司,杭州310018
  • 3. 金华市农业科学研究院,金华321017
  • 折叠

摘要

茭白作为我国重要的水生蔬菜,田间近20％的灰茭比例对其产量造成了严重影响.研究表明,田间正常茭和灰茭两种表型的产生与菰黑粉菌(Ustilago esculenta)菌株分化密切相关,由T型菰黑粉菌侵染菰(Zizania latifolia)所致.由此,本研究通过重测序技术,经SNP calling和SNP的过滤获得在MT型和T型菰黑粉菌中具有差异性的129494个SNP位点后,通过哈德-温伯格平衡检测和短片段筛除策略,得到了具有T型菰黑粉菌特异性的SNP位点647个.最后采用随机化原则挑选48个位点,设计特异性引物并用等位基因特异性PCR(allele specific PCR,AS-PCR)鉴定筛选出了其中准确率高的8个位点用于田间测试.结果表明,采用8个特异性位点组合分析茭白种苗的T型菰黑粉菌并剔除灰茭鉴别结果阳性的种苗,可将灰茭比例降低37.59％.此研究为进一步提高良种繁育中种苗纯度及后续种苗质量检测提供了技术支持.

关键词

茭白/菰黑粉菌/SNP/等位基因特异性PCR(AS-PCR)/灰茭鉴别

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基金项目

浙江省大学生科研创新活动计划(2020R409031)

金华市科技计划(2020-2-010)

浙江省自然科学基金(LY19C140001)

出版年

2023
农业生物技术学报
中国农业大学 中国农业生物技术学会

农业生物技术学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.801
ISSN：1674-7968
被引量1
参考文献量12
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