全面预算绩效管理是新时期高校运营管理过程中能够覆盖高校全流程的一项预算管理工作体系,在全面预算绩效管理的背景下开展内部控制工作,高校能够确保其更为全面地覆盖各个环节,提高整体的内部控制管理质量.现阶段,仍有很多高校在开展内部控制工作时存在内部控制机制不完善、信息技术的应用不科学、预算松弛等问题,在一定程度上影响了全面预算绩效管理水平.基于此,本文站在高校整体发展的角度概括了全面预算绩效管理与内部控制的概念,分析了全面预算绩效管理与内部控制之间的关系,以及现阶段高校在开展内部控制工作时遇到的问题,并给出了一定的优化建议,以期帮助高校提升内部控制工作质量.