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基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析

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为揭示不同生态型油梨间的差异,对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序,平均测序深度为26×,平均覆盖度为89.39％.通过与参考基因组比对,4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26％.除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低(为35.34％)外,剩下3份油梨品种的杂合率均超过70％.单核苷酸多态位点(SNP)数量为3854384～6290629个,小片段插入与缺失(Small InDel)总数为1432406～1707608个,这些突变导致了13864～18143个基因的变异.KEGG分析表明,淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因.聚类分析表明,相对于西印度群岛生态型,危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近.研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据.
Genome-wide Variation and Phylogenetic Analysis of Different Ecotypes of Avocado Based on Whole Genome Re-sequencing

葛宇、徐梓宁、马蔚红、刘远征、王步天、刘毅

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油梨 生态型 全基因组重测序 单核苷酸多态位点 亲缘关系

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32260735320RC6832022RYKY0012021RYZJGZZ004

2022

10.12008/j.issn.1009-2196.2022.11.010

热带农业科学
中国热带农业科学院

热带农业科学

CSTPCD
影响因子：0.534
ISSN：1009-2196
年,卷(期)：2022.42(11)
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