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基于Singularity的分子动力学软件Quantum Espresso容器部署与测试

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为测试超级计算机上基于Singularity容器技术的部署方法对应用软件部署流程和性能的影响,分别基于Singularity容器技术和源码直接编译两种方式部署基准测试程序和开源分子动力学软件Quantum Espresso,并通过通用x86、国产ARM两种超级计算机平台进行测试,测试算例涵盖不同并行规模和计算模式,对两种部署方式的计算性能进行比较.实验结果表明,在x86计算平台上使用Singularity容器技术成功部署Quantum Espresso后,其技术经验可以较为轻易地迁移到国产ARM计算平台上.在两种计算平台上,相较于直接编译,基于Singularity容器技术的部署方式性能损失约为1％～3％.对于分子动力学软件Quantum Espresso,容器安装具有良好的可移植性,不论是传统x86平台还是国产ARM平台,容器安装带来的性能损失均微乎其微.
Singularity Container Based Deployment and Evaluation of the Molecular Dynamics Software Quantum Espresso

文敏华、胡广超、王一超

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上海交通大学网络信息中心,上海200240

Singularity Quantum Espresso 性能测试 分子动力学 高性能计算

国家重点研发计划项目上海交通大学转化医学交叉研究基金

2018YFA0404603ZH2018ZDA02

2021

10.11907/rjdk.212361

软件导刊
湖北省信息学会

软件导刊

影响因子：0.524
ISSN：1672-7800
年,卷(期)：2021.20(12)
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