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猪流行性腹泻病毒SCYA2204株的基因克隆及测序分析

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为了解四川省雅安地区流行的PEDV的基因特征及遗传变异情况,本研究通过病毒RNA提取、RT-PCR、基因克隆及测序等方法获得一株PEDV SCYA2204的基因序列,利用生物信息学分析软件分析其核苷酸序列,并推导氨基酸的变异性和遗传进化特征.结果显示:SCYA2204是G2b亚型毒株,其S基因、ORF3基因、E基因、M基因、N基因与参考毒株的核苷酸序列同源性分别为92.5％～99.2％、96.0％～100％、97.0％～100％、97.4％～99.7％、95.2％～99.9％;由S基因构建的遗传进化树显示SCYA2204与5株四川往年流行毒株聚成一支,亲缘关系密切;与PEDV国内常用疫苗株CV777、AJ1102及四川往年流行毒株相比,SCYA2204 S蛋白存在10处氨基酸连续突变;与CV777和AJ1102比较,S蛋白核心中和表位共有2处氨基酸突变;此外,SCYA2204的S基因发生了重组事件,其主要亲本为G2b亚型的CH/SCXH/2018.上述研究表明,当前在雅安地区流行的PEDV毒株氨基酸序列发生了变异和重组,可能导致抗原性发生改变,影响现有疫苗的保护效力.

孔晶晶、田珺劼、任玉鹏、陈弟诗、包昕

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西南民族大学畜牧兽医学院,四川成都 610041

四川省动物疫病预防控制中心,四川成都 610041

猪流行性腹泻病毒(PEDV) SCYA2204毒株 基因组 变异性 遗传进化分析

西南民族大学大学生创新创业训练计划项目四川省科技重点研发项目

S2023106560872023YFN0021

2024

四川畜牧兽医
四川省畜牧食品局 四川省畜牧兽医学会 四川省畜牧科学研究院

四川畜牧兽医

影响因子：0.131
ISSN：1001-8964
年,卷(期)：2024.51(1)
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