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基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路

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为研究干旱胁迫对番茄生长的影响,本研究利用生物信息学分析方法筛选番茄干旱胁迫的关键基因,通过检索GEO数据库中关于番茄干旱胁迫的基因芯片数据,获取GSE39894和GSE106317两个数据集矩阵数据,利用GEO2R分析工具进行差异表达基因筛选,应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO功能分析和KEEG通路富集分析,运用STRING数据库和Cystoscopes软件构建差异表达基因的蛋白互作网络,并使用MCODE及Cytohubba插件筛选出参与干旱胁迫的最显著模块及关键基因.本实验筛选出1583个差异表达基因,其中748个上调基因,835个下调基因,GO功能分析和KEEG通路富集分析表明,这些差异基因在代谢通路、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成等方面显著富集,蛋白互作网络分析筛选出K4C9D8_SOLLC、K4B0Q1_SOLLC、CB13_SOLLC、PSBP_SOLLC、K4BCF4_SOLLC等10个关键基因,这些差异表达基因很可能是番茄干旱胁迫潜在的生物标志物.
Analysis of Key Expressed Genes and Pathways in Tomato under Drought Stress Based on GEO Database

杨巍、唐兵、周麟笔、马关鹏、谭国飞、瞿飞、王天文、曾庆鸿、王洪亮、邓英

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贵州省农业科学院园艺研究所,贵州 贵阳550000

贵州省园艺工程技术研究中心,贵州贵阳550006

贵州省农业科技发展中心,贵州贵阳550000

GEO数据库 番茄 干旱胁迫 生物信息学

贵州省科技计划国家自然科学基金贵州省基层农技推广体系改革与建设补助项目贵州省蔬菜产业技术体系建设项目贵州省农科院资源专项贵阳市蔬菜种质资源研究中心建设项目

黔科合支撑[2020]1Y090号31960595GZNJTG-WN-2022-01GZCYTX2022-01黔农科院种质资源[2022]03号筑科合同[2021]5-1号

2022

10.3969/j.issn.1000-2324.2022.03.003

山东农业大学学报(自然科学版)
山东农业大学

山东农业大学学报(自然科学版)

CSTPCD北大核心
影响因子：0.565
ISSN：1000-2324
年,卷(期)：2022.53(3)
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