摘要
目的 应用生物信息学及系统药理学的方法探索可干预肾透明细胞癌的潜在化学成分以及含有目的成分的中草药.方法 首先借助GEO基因表达谱数据分析筛选得到肾透明细胞癌与癌旁正常组织的差异基因,同时分析得到差异基因的生物学功能,接着构建差异基因的蛋白互作网络,进一步分析差异基因的在TCGA及GTEx背景数据库中的表达及预后价值,得到目标基因后借助CTD数据库挖掘与目标基因相关化合物,剔除非天然化合物后经TCMSP工具寻找含有天然化合物的中草药.结果 得到肾透明细胞癌与癌旁正常组织的差异基因共有357个上调基因,353个下调基因,富集生物过程包括氧化还原过程、排泄、对药物的反应等,分子功能包括蛋白质均二聚活性、运输活动、受体结合等,细胞定位在细胞外泌体、质膜的组成部分、顶质膜等.在KEGG信号中富集到PPAR信号通路、碳代谢、甘氨酸,丝氨酸和苏氨酸的代谢等信号通路,利用cytohuba基于degree筛选排名前20的基因为核心基因,有明确差异以及有预后意义的BUB1、C3、KIF20A、RRM2、TOP2A基因确定为目标探究与其相关的化合物72个,包含每种化合物的中草药至少一种.结论 基于生物信息学挖掘到多种中草药可以影响目标基因从而干预肾透明细胞癌.
基金项目
国家自然科学基金(81760676)
内蒙古自治区自然科学基金(2019LH08017)
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