为提高上海水牛的育种效率和遗传种质资源丰富度,采用基因测序分型(genotyping by sequencing,GBS)技术对 80 头上海水牛进行基因组测序,质控后获得高质量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),进行群体亲缘关系以及近交系数分析.结果显示:从80头上海水牛的24条常染色体和1条性染色体上共检出的99 963个高质量SNP位点、874个连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH);80头上海水牛分为2个大支(家系),A1和A2属于第一大支(家系A),包含9头公水牛、18头母水牛;B1、B2和B3属于第二大支(家系B),包含16头公水牛、37头母水牛.基于ROH测算近交系数的结果显示:25头公水牛和55头母水牛的平均近交系数分别为0.014 5和0.011 4.本研究构建了上海水牛家系,揭示了上海水牛的近交状态,为上海水牛繁育工作提供了科学依据.
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