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大蹄蝠全基因组微卫星分布特征分析

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脊椎动物基因组含有丰富的微卫星信息.本研究对翼手目动物中的大蹄蝠全基因组及其基因的微卫星分布特征进行分析,并对含有微卫星编码序列的基因进行注释分析.结果表明,大蹄蝠全基因组大小为2.24 Gb,共含有497 883个微卫星,其中,数量和比例最多的是单碱基和二碱基重复类型,分别有173 953个(34.94％)和222 591个(44.71％),相对丰度分别为77.78 loci/Mb和99.52 loci/Mb.微卫星数量从单碱基重复到六碱基重复单元最多的类型分别为(A)n、(AC)n、(TAT)n、(TTTA)n、(AACAA)n和(TATCTA)n,比例分别为 95.14％、55.25％、38.41％、22.17％、48.68％和20.30％.不同基因区和基因间区的数量及丰度不同,其中基因间区的微卫星数量及其丰度最大,分别为322 666个和2 541.57 loci/Mb,编码区的微卫星数量及其丰度最小,分别为1461个和461.98 loci/Mb.基因间区和全基因组的微卫星的分布特征相似.编码区最多的微卫星类型为三碱基重复单元,外显子最多的微卫星类型为单碱基、二碱基和三碱基重复单元.在微卫星丰度分布的位置特征分析中,基因上游500 bp、外显子、内含子和基因下游500 bp各个区域微卫星丰度分别为16 400.94 loci/Mb、972.12 loci/Mb、2 180.66 loci/Mb和3 899.89 loci/Mb.大蹄蝠基因中含有微卫星的编码序列(Coding sequence,CDS)1 461条,被注释到的基因有1 226个.GO注释到63个主要功能基因中,并分配到26439个GO条目.KEGG富集最显著的是信号传导通路,含有146个基因.本研究结果不仅为大蹄蝠高质量微卫星的筛选提供参考,还将进一步为翼手目其他物种的全基因组微卫星分布特征分析及其微卫星在全基因组中的生物学功能研究提供参考.
Characteristics of microsatellite distributions in genomes of Hipposideros armiger(Chiroptera)

邵伟伟、乔芬、蔡玮、林植华、韦力

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丽水学院生态学院,丽水323000

翼手目 大蹄蝠 全基因组 微卫星 GO分析 KEGG富集

丽水市重点研究项目丽水市重点研究项目遂昌县林业发展中心委托项目

2021ZDYF052020ZDYF0721-12-01

2023

10.16829/j.slxb.150724

兽类学报
中国科学院西北高原生物研究所,中国动物学会兽类学分会

兽类学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.804
ISSN：1000-1050
年,卷(期)：2023.43(2)
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