空间转录组检测技术研究进展及展望
Research progress and prospects of spatial transcriptomic technology
冯学超 1邵雨彤 1曹群发 1李佳豪 1张衙楠 1李文琰 1韩峻松 1张晓娜 1蒋敏1
作者信息
- 1. 上海生物芯片有限公司,生物芯片上海国家工程研究中心,上海 201203
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摘要
空间转录组技术是一种通过测序或成像技术,在组织中进行基因空间表达检测的技术手段.该技术结合图像和建模分析算法,可以获得基因表达和各种细胞类型在组织中的空间分布模式.本文总结了空间转录组的实验检测原理和数据分析方法.在实验方法上,将目前的空间转录组技术分为三种类别,并详细描述每种类别实验技术的原理和特征;在数据分析上,按照数据前处理、基础生物学信息挖掘、细胞注释和组织微环境特征分析的顺序,描述其算法的原理和应用方向;最后,总结了空间转录组技术的局限性和未来发展方向,希望能为基础医学和分子生物学的科研工作者提供帮助.
Abstract
Spatial transcriptomics provides spatially gene expression profiles in tissues via sequencing or imaging.Combined with algorithms for image analysis and modeling,spatial transcriptomics can offer the locations of genes and cell types in tissues.Here,we summarize the technical principles and data exploring methods of spatial transcriptomics.We divide the experiment technologies into three categories and describe their characteristics in detail and introduce the principle and application of various data exploring methods for pre-processing,basic bioinformation analysis,cell annotation and interpreting specific tissue microenvironment.Finally,we highlight the limitations and future development of spatial transcriptomics,hoping to provide assistance to researchers in basic medicine and molecular biology fields.
关键词
空间组学/原位检测/基因表达/数据挖掘Key words
spatial transcriptome/in situ technology/gene expression/data mining引用本文复制引用
出版年
2024
NETL
NSTL
万方数据