生物工程学报2022，Vol.38Issue(9) ：3406-3418.DOI:10.13345/j.cjb.220203

应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关IncRNA

Screening of proliferation related lncRNAs in leukemia cell lines by lentivirus shRNA library combined with second-generation sequencing

马秋怡 石得阳 汪碧忱 曹牧天 李浩渊 袁卫平 初雅婧
生物工程学报2022，Vol.38Issue(9) ：3406-3418.DOI:10.13345/j.cjb.220203
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应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关IncRNA

Screening of proliferation related lncRNAs in leukemia cell lines by lentivirus shRNA library combined with second-generation sequencing

马秋怡 1石得阳 1汪碧忱 1曹牧天 1李浩渊 1袁卫平 1初雅婧1
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作者信息

  • 1. 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)北京协和医学院实验血液学国家重点实验室国家血液系统疾病临床医学研究中心细胞生态海河实验室,天津300020
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摘要

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子.虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法同时研究多个lncRNA中对白血病细胞系产生功能性影响的lncRNA.在此,我们利用短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)文库结合高通量测序的方法,筛选对白血病细胞系增殖有影响的lncRNA,确定了74个候选lncRNAs.从中选取lncRNA C20orf204-203作为验证研究对象,发现C20orf204-203在K562和THP-1细胞系中均定位于胞质,敲降C20orf204-203的K562和THP-1细胞系增殖能力降低,早期凋亡细胞增加,BAD基因在mRNA水平上表达量增加,TP53、BCL2蛋白表达量下降,在THP-1细胞系中Caspase 3蛋白表达量减少,激活型Caspase 3蛋白表达量上升,但是二者变化在两种细胞系中不一致.结果表明,在白血病细胞系中敲降lncRNA C20orf204-203会使细胞增殖能力降低.但其在不同细胞系作用途径和机制可能存在差异.这一研究表明了利用shRNA文库结合高通量测序大规模研究lncRNA在白血病细胞系中发挥作用的可行性.

关键词

长链非编码RNA/C20orf204-203/短发夹RNA文库/高通量测序/白血病细胞系

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基金项目

出版年

2022
生物工程学报
中国科学院微生物研究所 中国微生物学会

生物工程学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.641
ISSN：1000-3061
参考文献量41
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