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基于Cytoscape下斑马鱼衰老基因-蛋白质的模块化分析

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近20年来，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模型动物。同时，通过对斑马鱼参考基因组序列和10000多个蛋白编码基因的鉴定，表明斑马鱼至少与人类基因有75％的同源性，进一步验证了斑马鱼基因组序列可以作为衰老的研究模型。此外，其良好保守的分子和细胞生理学的广泛特征使斑马鱼成为揭示衰老、疾病和修复的潜在机制的极好模型。但是斑马鱼衰老的分子机制很少发生分子间的相互作用，因此蛋白质-蛋白相互作用(PPI)网络是非常可取的。本实验描述了斑马鱼这种生物衰老机制的模型，其涵盖了与衰老相关的87种蛋白质之间的767种相互作用。这不仅包含准确预测的PPI，还包含从文献收集以及实验所得的那些分子相互作用。同时，将这些分子相互作用模块化，形成模块化，找到11个中心基因，分析预测其衰老过程。希望能帮助研究斑马鱼的学者研究其衰老过程，提供一些假说和帮助。
Modular analysis of zebrafish senescence gene-protein based on Cytoscape

李雷、蒋林华

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上海理工大学 现代光学系统重点实验室,上海200093

斑马鱼 衰老分子机制 PPI 模块化 中枢基因

国家自然科学基金上海市高等学校特聘教授项目国家自然科学基金上海市高等学校特聘教授项目国家自然科学基金上海市高等学校特聘教授项目

东方学者15HJPY-MS02No.61775139

2019

生物信息学
哈尔滨工业大学

生物信息学

CSTPCD
影响因子：0.245
ISSN：1672-5565
年,卷(期)：2019.17(3)
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