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龙胆目查尔酮合成酶的生物信息学分析

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目的 运用生物信息学方法分析GenBank中登录的4种龙胆目植物的5个查尔酮合成酶基因(CHS).方法 分别用ExPASy ProtParam Tool、Prot Scale和Mega等软件,对5个基因的理化性质、跨膜结构、蛋白质二级结构和三级结构及结构域进行了分析和预测,并利用距离矩阵方法中的邻接法构建CHS系统发育树.结果 与结论龙胆目CHS基因编码区(CDS)的全长均为1 170 bp,大约编码389个氨基酸;其中只有华北白前的氨基酸序列预测结果是不稳定蛋白质,另外4个均为稳定的蛋白质;5个都是疏水性蛋白质;二级结构中主要结构元件是α螺旋和不规则卷曲;都具有查尔酮合成酶蛋白典型的结构域;利用同源建模的方法预测了三维结构,与预测的二级结构结果相一致;均无信号肽和跨膜结构.根据CHS蛋白的氨基酸序列对龙胆目及另外62种植物进行了系统分析,四种植物的氨基酸序列聚在一起,它们与唇形目和茄目的同源关系较近,得到的这些相关信息可以为之后进一步的研究奠定基础.
Bioinformatics analysis of the chalcone synthase gene in Gentianales plants

孙佳庆、乔岩、刘越

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中央民族大学生命与环境科学学院,北京100081

中央民族大学民族医药教育部重点实验室,北京100081

中国中医科学院中药资源中心,北京100700

龙胆目 查尔酮合成酶 生物信息学

国家民委中青年英才项目国家自然科学基金资助项目国家自然科学基金资助项目民族医药教育部重点实验室(中央民族大学)自主课题资助高等学校学科创新引智计划项目

2016-03-018127418581373765KLEM-ZZ201807111-08044

2020

沈阳药科大学学报
沈阳药科大学

沈阳药科大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.604
ISSN：1006-2858
年,卷(期)：2020.37(1)
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