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肝细胞癌生物标志物筛选与其预后意义分析

Biomarkers screening and characterization of hepatocellular carcinoma,and their prognostic significance analysis

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目的 肝细胞癌是恶性程度较高的肿瘤之一.我国慢性肝炎患者较多,肝细胞癌发病率较高.本研究旨在筛选、鉴定肝细胞癌相关基因,并对鉴定基因的预后意义作初步分析.方法 应用R语言,从GEO数据库中的两个肝细胞癌基因芯片数据GSE112790和GSE101685筛选差异表达基因,并用DAVID数据库对筛选鉴定的差异基因进行GO(Gene Ontology,基因本体论)富集分析、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因和基因组百科全书)通路分析;采用STRING数据库对差异基因构建PPI(Protein-protein interaction,蛋白互作网络),然后用Cytoscape软件及其插件MOCDE进行可视化和模块筛选.通过GEPIA数据库进行验证,并使用cBioponal数据库汇总关键基因的遗传变异信息.通过RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reac-tion,实时荧光定量分析)检测正常肝细胞5200和肝癌Hep3B细胞核心关键基因的表达情况.结果 从两个数据集共鉴定出51个上调、104个下调的共同差异基因.GO和KEGG通路分析表明上调基因在细胞周期、有丝分裂等显著富集;下调基因在药物代谢和P450有关的各种代谢中显著富集.PPI互作网络筛选出两个功能模块(19个上调基因和8个下调基因),其中ASPM、DLGAP5、PTTG1、CYP2C9、CYP3A4和CYP2E1有6个基因是两个模块的核心关键基因.基因组变异分析中,在ASPM蛋白结构域中发现了一个热点突变Y1725C,RT-PCR检测分析6个核心关键基因的结果与生物信息分析结果一致.结论 上调表达的ASPM、DLGAP5、PTTG1基因,以及下调表达的CYP2E1、CYP3A4和CYP2C9基因可能对肝细胞癌诊断及预后具有生物标志物意义;ASPM突变Y1725C高发于肝细胞癌.

张伟国、郑昊洋、张心怡、蒋飞翔、周兆丽

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上海健康医学院附属嘉定中心医院上海市分子影像学重点实验室,上海201318

上海理工大学健康科学与工程学院,上海200093

肝细胞癌 预后 表达谱 差异表达基因 生物信息学分析

国家自然科学基金上海健康医学院2018年协同创新重点专项上海市分子影像学重点实验室建设项目

81803581SPCI-18-18-00318DZ2260400

2021

10.14066/j.cnki.cn21-1349/r.2021.1339

沈阳药科大学学报
沈阳药科大学

沈阳药科大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.604
ISSN：1006-2858
年,卷(期)：2021.38(11)
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