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梅花鹿基因组微卫星分布特征研究

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为深入研究梅花鹿基因组中微卫星结构和特征,开发梅花鹿专用微卫星标记,本研究利用课题组前期测序、拼接和组装得到的梅花鹿基因组序列,搜索并分析了微卫星分布特征.在梅花鹿基因组中1～6bp碱基微卫星有354 766个,总长度为7696656bp,相对密度为3 229.89 bp/Mb,约占基因组总长度的0.31％.不同类型微卫星拷贝数量占比和大小分别为二碱基(80.33％)＞三碱基(9.86％)＞五碱基(4.25％)＞四碱基(3.64％)＞单碱基(1.58％)＞六碱基(0.32％).1～6 bp不同碱基类型微卫星的优势类别分别为A、TG、AGC、AAAT、ACTGA和TTCACT.将微卫星定位到了 33条染色体上,分布频率最高的是X染色体,其次是30号染色体,最低的是7号染色体,梅花鹿33条染色体序列长度与所含微卫星数量呈正相关(r=0.99,P＜0.000 1).梅花鹿基因组中16 bp碱基微卫星数量丰富,能够筛选出足够的微卫星标记,用于梅花鹿亲子鉴定、个体识别技术.
Research on Distribution Characteristics of Microsatellites in Sika Deer Genome

卢凯妹、王天骄、董世武、邢秀梅、苏伟林

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中国农业科学院特产研究所,农业农村部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室,吉林 长春 130112

梅花鹿 基因组 微卫星 分布特征

中国农科院科技创新工程特种动物遗传资源科技创新团队项目特种动物种质资源基因库项目

CAAS-ASTIP-2017-ISAPS01TZDWZYK2020

2022

10.16720/j.cnki.tcyj.2022.058

特产研究
中国农业科学院特产研究所,中国农学会特产学会

特产研究

CSTPCD
影响因子：0.331
ISSN：1001-4721
年,卷(期)：2022.44(6)
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