为探讨长期施氮对作物运输根和吸收根内生真菌群落特征的影响及其机制.以农田长期定位施肥试验(1995—2019年)为基础,通过高通量测序技术,研究长期5个施氮肥处理(CK、N1、N2、N1P、N2P.其中CK、N1、N2施氮量分别为0,55.2,110.4 kg/hm2)对谷子不同功能根内生真菌群落组成和结构的影响.结果表明:CK处理中吸收根的OTUs数和真菌多样性(shannon指数和Chao 1指数)均显著高于运输根(P<0.05).门水平上,吸收根的Ascomycota和Glomeromycota丰度显著高于运输根(P<0.05),但Mor-tierellomycota和Basidiomycota丰度显著低于运输根(P<0.05).在属水平上,优势菌属Mortierella和Bipolaris在吸收根内的相对丰度显著低于运输根(P<0.05),但Fusarium和Minimedusa显著高于运输根(P<0.05).高氮施肥吸收根和运输根的OTUs数、Chao 1指数分别提高了23.62%,23.87%,其他施肥则相反.施肥运输根的shannon指数提高了7.12%~19.62%,吸收根则相反.施肥吸收根致病菌属(Bi-polaris、Fusarium、Magnaporthiopsis、Microdochium)的相对丰度分别增加了52.99%,40.74%,133.06%,200.00%,运输根中抗病菌属(Minimedusa)的相对丰度提高了40.16%~97.11%.施肥谷子根系碳、氮、磷含量分别提高了2.33%~11.63%,13.30%~94.66%,3.89%~263.92%,氮磷肥配施处理的影响尤为显著(P<0.05).施肥运输根生物量提高了106.67%~336.41%,吸收根的生物量降低了35.20%~60.20%.长期施肥通过提高土壤速效磷、全磷、可溶性氮和根系碳含量而提高吸收根内生真菌丰度,通过提高根系生物量而降低运输根内生真菌丰度,低氮磷配施肥(N1P)对土壤养分含量及菌群发展影响最大.探明长期施氮肥对黄土丘陵区谷子不同功能根系内生真菌分布格局变化的影响,为作物的高产优质及农田土壤生态环境的良好构建提供理论依据.