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稻田土壤中病毒多样性研究

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病毒是地球上最丰富多样的微生物类群,广泛存在于各种生物体及环境中,但关于稻田土壤的病毒组研究较少。使用公共数据库中的稻田土壤宏基因组测序数据,构建由8 791个病毒操作分类单元(viral operational taxonomic units,vOTU)和168 940个蛋白序列组成的稻田土壤病毒数据库(Paddy soil virus database,PSVD),该数据库中31。41%的序列能够预测出物种分类地位信息,这些病毒序列分属于76个已知的病毒科,以有尾病毒纲(Caudoviricetes)病毒为主,宿主分布在11个细菌门中。同时还对稻田土壤病毒中所携带的辅助代谢基因(Auxiliary Metabolic Genes,AMGs)进行分析,发现了 39个可能广泛存在与稻田系统的碳水化合物活性酶(Carbohydrate active enzymes,CAZymes),该类基因的存在,可能对生物地球化学循环产生潜在的影响。综上,本研究创新性构建了PSVD数据库(https://github。com/lzk98/PSVD),并利用DRAM-v挖掘了稻田土壤系统中的 AMGs 基因,为后期稻田土壤病毒组的研究奠定了研究基础,并为稻田病毒群落的解析提供新的见解。

刘泽锟、黄士轩、杨美艳

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华南农业大学食品学院,广东省食品质量安全重点实验室,广州 510642

华南农业大学农学院,广州 510642

病毒组学 土壤 稻田 碳水化合物活性酶

2024

相关文献
土壤学报
中国土壤学会

土壤学报

CSTPCD北大核心
影响因子:2
ISSN:0564-3929
年,卷(期):2024.61(6)
刘泽锟,黄士轩,杨美艳.稻田土壤中病毒多样性研究[J].土壤学报,2024,61(6):1703-1713.DOI:10.11766/trxb202306130230.