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利用TCGA数据库筛选食管鳞状细胞癌免疫相关mRNA

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目的 筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因.方法 基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组.应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织中的基质细胞和免疫细胞进行分组效应评估,并应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫表型相关的共表达基因模块,挑选最相关模块中的节点基因,分析其与患者预后的相关性.结果 利用ssGSEA算法,81例肿瘤样本分为高免疫组(14例)、中等免疫组(46例)和低免疫组(21例),并用HLA-I和PD-L1基因验证了分组效果.利用WGCNA获得了与免疫相关的模块,在此模块中找到6个免疫相关hub基因,其中HAVCR2 mRNA与ESCC患者生存相关.结论 HAVCR2作为免疫相关基因,可能参与了ESCC的发生、发展,是ESCC潜在预后标志物.
Screening immune related mRNA in esophageal squamous cell carcinoma by TCGA database

孟玉娟、亓民、马军、袁翎、任凯凯、马佳康、侯明宇、张中冕

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郑州大学附属洛阳中心医院医学检验中心,河南洛阳 471009

郑州大学第二附属医院郑州大学消化疾病研究所

郑州大学附属肿瘤医院放疗科

郑州大学第二附属医院肿瘤科

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食管鳞状细胞癌 生物信息学 免疫 预后 TCGA HAVCR2

河南省科技厅科技攻关项目河南省医学科技攻关计划项目

1921023100048SB201901113

2020

胃肠病学和肝病学杂志
郑州大学

胃肠病学和肝病学杂志

CSTPCD
影响因子：1.029
ISSN：1006-5709
年,卷(期)：2020.29(3)
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