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综合生物信息学分析预测胃癌预后关键基因的研究

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目的 筛选出与胃癌预后相关的生物标志物并探讨其潜在分子机制.方法 从GEO下载GSE19826及GSE79973胃癌数据集,TCGA下载胃癌患者临床资料.然后综合利用R软件、STRING、DAVID、Cytoscape、GEPIA、Oncomine、cBioPortal、HPA及GSEA等数据库筛选验证出与胃癌预后相关的核心基因并分析其分子机制.结果 共筛选287个差异表达基因(133个下调基因和154个上调基因).经Cytoscape对重要模块提取及GEPIA验证了核心基因LUM、SERPINH1及TIMP1在胃癌中显著高表达,且LUM表达与幽门螺杆菌感染、分期及总生存率相关,可能是胃癌一个独立预后因子.GSEA分析预测LUM表达上调可能激活细胞外基质受体互作、黏着斑、MAPK或TGF-β等信号促进胃癌发生、发展.结论 通过生物信息学分析确定了LUM是与胃癌患者总体生存相关的关键基因,可作为独立预后生物标志物,因此可能成为胃癌新的治疗靶点,但仍需进一步功能验证.
Identification of key genes for predicting gastric cancer prognosis by integrated bioinformatics analysis

杨倩、齐明明、董卫国

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武汉大学人民医院消化内科, 湖北 武汉 430060

消化系统疾病湖北省重点实验室

贵州省人民医院消化内科

胃癌 靶基因 预后 生物信息学

国家自然科学基金

81870392

2020

10.3969/j.issn.1006-5709.2020.10.003

胃肠病学和肝病学杂志
郑州大学

胃肠病学和肝病学杂志

CSTPCD
影响因子：1.029
ISSN：1006-5709
年,卷(期)：2020.29(10)
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