采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究.用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75.24%.采用POPGENE软件进行分析,结果表明:居群总的Nei's基因多样性指数为0.2302,Shannon信息多态性指数为0.3502,金花茶总的遗传多样性水平较高.但金花茶居群内的遗传多样性相对较低.基因分化系数为0.5752,遗传变异主要存在于居群间.用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起.金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0.68261,P=1.0000).