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毛竹GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析

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利用生物信息学方法,于毛竹(Phyllostachys edulis (Carr.) Lehaie)全基因组中鉴定获得18个GRF转录因子,并对其理化特性、保守结构域、系统发育关系、miR396靶位点以及基因表达模式进行了分析.结果表明,18个PeGRF蛋白长度为170~551 aa,分子量为18.5~58.8 kD;这些PeGRF蛋白均具有QLQ和WRC结构域,部分PeGRF含有FFD和TQL保守结构域.对毛竹、拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh)和水稻(Oryza sativa L.)的系统进化分析结果显示,毛竹18个GRF可分为3个亚类,且单子叶植物毛竹和水稻的GRF转录因子亲缘关系更近.miR396靶位点预测分析结果发现,在13个PeGRF基因序列的编码区存在毛竹miR396结合位点;PeGRF基因表达模式分析结果显示,PeGRF主要在毛竹的竹笋中表达.
Genome-wide identification and analysis of the GRF transcription factor family in Moso bamboo (Phyllostachys edulis)

何龙燕、刘武阳、娄永峰、肖复明

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江西农业大学,江西省森林培育重点实验室,南昌330045

江西省林业科学院,江西省植物生物技术重点实验室,南昌330032

江西省信丰县林木良种场,江西信丰341602

毛竹 GRF 基因家族 表达分析

江西省青年科学基金

20171BAB214033

2018

植物科学学报
中国科学院武汉植物园, 湖北省植物学会

植物科学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.934
ISSN:2095-0837
年,卷(期):2018.36(5)
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