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蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析

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[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析，为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料，通过Illumina HiSeqTM 2000对其进行高通量测序和组装，利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索，并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53009条Unigene，其中6202条Unigene上分布了8175个SSR位点，每5。86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49。13％)，二核苷酸次之(22。07％);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16。16％)，其次为AAG/CTT(14。30％);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种)，二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加，核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp，主要集中在12～24 bp，其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3130条(38。29％)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高，在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
SSR characteristics of transcriptome of Mengnong sainfoin

乔雨、石凤翎、张雨桐、钱亚斯、闫伟、伊风艳

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内蒙古农业大学草原与资源环境学院,草地资源教育部重点实验室,内蒙古呼和浩特010019

内蒙古自治区农牧业科学院,中国科学院内蒙古草业研究中心,内蒙古呼和浩特010031

蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR

内蒙古自治区草原英才创新团队项目内蒙古科技计划项目

2020

10.13207/j.cnki.jnwafu.2020.12.002

西北农林科技大学学报(自然科学版)
西北农林科技大学

西北农林科技大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.893
ISSN：1671-9387
年,卷(期)：2020.48(12)
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