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3个肉牛群体新转录本注释及功能解析

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[目的]挖掘肉牛(Bos taurus)新转录本,探讨其潜在功能,为进一步探明牛肉品质差异的遗传机制提供思路.[方法]以平凉红牛、杂交和牛(和牛×平凉红牛)和西门塔尔牛为研究对象,采集其背最长肌,进行RNA-seq测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与牛参考基因组序列进行比对分析,优化已注释转录本的信息,挖掘新转录本并对其进行功能富集分析.随机挑选9个显著差异表达的新转录本进行RT-qPCR验证.[结果]对1 081个转录本的5'非翻译区域(UTR)和1 586个转录本的3'UTR分别实现了延伸,并对1 038个转录本的5'和3'UTR都实现了延伸.挖掘新转录本442个,其中92个新转录本在不同群体间表达差异显著(P＜0.05);GO分析显示,表达差异显著的新转录本在代谢过程、酶催化活性和细胞部分等显著富集;KEGG富集发现,显著差异表达的新转录本显著富集在味觉转导、过氧化物酶、河马(Hippo)和MAPK等信号通路中.RT-qPCR结果与RNA-seq结果在定量方面存在差异,但变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠.[结论]新转录本通过各种代谢途径和通路广泛参与调控牛肌肉生长、脂肪沉积、疾病和免疫等各项生命活动.
Annotation and function analysis on new transcripts of three beef cattle groups

王正文、张凌云、安雪姣、张小强、杨雅楠、蔡原、赵生国

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甘肃农业大学动物科学技术学院,甘肃兰州730070

泾川县畜牧兽医中心,甘肃平凉744399

平凉红牛 杂交和牛 西门塔尔牛 新转录本 肉质性状

2015BAD03B04-4GNCX-2014-32

2022

10.13207/j.cnki.jnwafu.2022.10.001

西北农林科技大学学报(自然科学版)
西北农林科技大学

西北农林科技大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.893
ISSN：1671-9387
年,卷(期)：2022.50(10)
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