西北植物学报2021，Vol.41Issue(4) ：565-575.DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.2021.04.0565

马铃薯StCML基因家族鉴定及表达分析

Genome-wide Identification and Expression Analysis of StCML Gene Family in Solanum tuberosum L.

张满仓 张超 赵朋 陈越 陈勤 卢海彬
西北植物学报2021，Vol.41Issue(4) ：565-575.DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.2021.04.0565
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马铃薯StCML基因家族鉴定及表达分析

Genome-wide Identification and Expression Analysis of StCML Gene Family in Solanum tuberosum L.

张满仓 1张超 2赵朋 1陈越 1陈勤 3卢海彬1
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作者信息

  • 1. 西北农林科技大学农学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨陵712100
  • 2. 西北农林科技大学农学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨陵712100;陕西省土地工程建设集团有限责任公司,西安710753
  • 3. 西北农林科技大学食品科学与工程学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨陵712100
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摘要

类钙调蛋白(calmodulin-like protein,CML)是植物中一种重要的Ca2+结合蛋白,在植物生长发育和胁迫响应过程中起着重要的作用.该研究通过生物信息学方法在马铃薯基因组中鉴定了 StCML基因家族成员,并对它们的表达模式及胁迫响应进行了分析,为深入解析马铃薯StCML基因家族成员在生长发育和胁迫响应中的作用机制奠定理论基础.结果显示:(1)在马铃薯基因组中共鉴定到80个StCML基因,它们均具有EF-hand结构;根据系统进化树拓扑结构可分为5个亚家族,在1～5亚家族中分别含有18、12、14、12、和24个基因,大部分基因具有较为保守的基因结构和基序.(2)RNA-Seq数据分析发现,StCML基因主要在马铃薯的花、叶柄、芽、雄蕊、匍匐茎和块茎中有特异表达,并且主要对盐、热、干旱和赤霉素处理有响应.(3)qRT-PCR分析发现,在低温胁迫下StCML 13、StCML21和StCML53表达上调;在高温胁迫下StCML11、StCML21和StCML39表达上调;盐胁迫下StCML21和StCML60表达上调;青枯菌处理下StCML53表达上调,StCML8、StCML 13、StCML 21和StC-ML 60表达下调.研究表明,StCML基因对多种胁迫均有响应.

关键词

马铃薯/类钙调蛋白/基因家族/胁迫

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基金项目

陕西省自然科学基础研究计划(2020JM-160)

宁夏农林科学院对外科技合作项目(DW-X-2018012)

出版年

2021
西北植物学报
西北农林科技大学,陕西省植物学会

西北植物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.031
ISSN：1000-4025
被引量1
参考文献量5
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