基于流式细胞术和SNP分型的猕猴桃倍性鉴定分析
Ploidy Identification Analysis of Kiwifruit Based on Flow Cytometry and SNP Typing
吴栋 1王瑀 1周希希 1杜佳宝 2蒋景龙 1张羽1
作者信息
- 1. 陕西理工大学生物科学与工程学院,陕西省资源生物重点实验室,陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心,陕西理工大学秦巴生物资源与生态环境省部共建国家重点实验室[培育],陕西汉中723000
- 2. 西北大学生命科学学院,西安710000
- 折叠
摘要
研究以猕猴桃属内不同植物的幼嫩叶片为材料,利用流式细胞术和全基因组SNP(single nucleotide poly-morphism)位点杂合子等位基因深度比率(heterozygous allele depth ratio)分布2种方法进行源猴桃倍性鉴定.对取样叶片的生长状态、防止细胞核黏连的PVP(聚乙烯吡咯烷酮)浓度、滤网目数及过滤次数、不同倍性样本全基因组SNP分型的参数调整等因素进行探索.结果表明,流式细胞术检测中取未展开的幼嫩叶片获得完整细胞核的数目最多;5％PVP对减少细胞核之间的黏连最适宜;500目滤网过滤3次效果最好.SNP的分型主要与模拟基因组的组装质量和过滤识别SNP的参数设置有关.流式细胞术鉴定倍性的关键技术是使用未展开的幼嫩叶片以保证足够数量的完整细胞核及减少细胞核之间的黏连.同一植物材料的染色体倍性在60Co-γ辐照处理前后未发生改变.全基因组SNP位点杂合子频率分布图判断的倍性与流式细胞术鉴定结果一致.2种鉴定结果可以相互验证,使倍性的判断变得更加准确,为加快猕猴桃育种提供了基础.
关键词
流式细胞术/SNP/杂合子等位基因深度比率/倍性/猕猴桃Key words
flow cytometry/SNP/heterozygous allele depth ratio/ploidy/kiwifruit引用本文复制引用
基金项目
陕西理工大学秦巴生物资源与生态环境省部共建重点实验室(培育)"市校共建"科研专项(SXC-2102)
陕西省秦创原"科学家+工程师"项目(2023KXJ-138)
出版年
2023
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