西北植物学报2023,Vol.43Issue(10) :1663-1673.DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.2023.10.1663

基于RNA-Seq的向日葵脂肪酸合成基因筛选与分析

Screening and Analysis of Fatty Acid Synthesis Genes in Sunflower Based on RNA-Seq

郭树春 张艳芳 李素萍 邵盈 邢慧军 于海峰
西北植物学报2023,Vol.43Issue(10) :1663-1673.DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.2023.10.1663

基于RNA-Seq的向日葵脂肪酸合成基因筛选与分析

Screening and Analysis of Fatty Acid Synthesis Genes in Sunflower Based on RNA-Seq

郭树春 1张艳芳 2李素萍 1邵盈 1邢慧军 3于海峰1
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作者信息

  • 1. 内蒙古自治区农牧业科学院作物科学研究所,呼和浩特 010031
  • 2. 内蒙古农业大学园艺与植物保护学院,呼和浩特 010010
  • 3. 四子王旗林业和草原局,内蒙古乌兰察布 011800
  • 折叠

摘要

为解析向日葵主要脂肪酸组分的生物合成分子机制,选用高油酸自交系J9、低油酸自交系P50为研究材料;进行错期播种同期采样试验,以液相色谱测定授粉后不同样品籽粒的脂肪酸组分与含量;利用RNA-Scq技术对不同样品测序,获得各样品与脂肪酸合成相关的基因表达数据,以气象学数据、液相色谱数据、向日葵基因组数据和转录组数据为基础,采用生物信息学方法分析相关数据.结果表明,(1)高油酸向日葵材料脂肪酸组分和含量受温度影响小,而低油酸材料易受温度影响;(2)J9和P50的12个样本的高表达基因数在7 500个左右,而中、低表达基因数相当,是高表达基因的2倍,约15 000个;(3)品种特异性表达基因和品种间特异表达基因去除重复后,在J9和P50在-CK和S数据集得到15 885个,GO功能富集获得的与脂质代谢直接相关的403个DEGs映射到与的脂质代谢相关的KEGG代谢通路,累计29个DEGs直接参与了 19条相关KEGG通路.

关键词

向日葵/脂肪酸/RNA-Scq/分子机制

Key words

sunflower/fatty acid/RNA-Seq/molecular mechanism

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基金项目

国家自然科学基金(32260514)

现代农业产业技术体系建设项目(CARS-14-1-27)

内蒙古自治区科技计划(2021GG0014)

内蒙古自治区党委组织部"西部之光"访问学者项目(2022)()

内蒙古自治区"揭榜挂帅"项目(2022)(2022JBGS0034)

出版年

2023
西北植物学报
西北农林科技大学,陕西省植物学会

西北植物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.031
ISSN:1000-4025
参考文献量1
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