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茜草叶绿体全基因组序列及其系统发育分析

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以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析.结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构,总GC含量37.2％,长153 959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83 844 bp、小单拷贝(SSC)区17 083 bp和2个反向重复(IR)区26 516 bp;共注释得到124个基因,包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA.(2)序列共鉴定到169个SSR位点,以A、T组成为主,包括129个单核苷酸、18个双核苷酸、11个三核苷酸、9个四核苷酸和2个五核苷酸,六核苷酸SSR未检测到;边界分析显示,茜草叶绿体基因组LSC区差异性最大,变异程度最高,而IRa区则差异性最小,最为保守.(3)最大似然法(ML)构建系统发育树显示,样品茜草与同属植物Rubia horrida以100％支持率聚为一类,茜草亚科、仙丹花亚科与金鸡纳亚科聚为姐妹类群,证明茜草科植物在进化过程中保守发育.
Complete Chloroplast Genome and Phylogenetic Analysis of Rubia cordifolia

Rubia cordifolia L.Rubioideaechloroplast genomesequence analysisphylogeny

陈晓颖、胡本祥、史嘉周、杨冰月、张岗、彭亮

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陕西中医药大学药学院,陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心,"秦药"研发重点实验室,西安 712046

陕西国际商贸学院,西安 712046

茜草 茜草科 叶绿体基因组 序列分析 系统发育

陕西省教育厅项目陕西省中医药局项目医疗服务与保障能力提升补助资金项目(中医药事业传承与发展部分)(2018)陕西中医药大学"秦药"品质评价及资源开发学科创新团队项目

19JK02252021-QYZL-02财社[2018]43号2019-QN01

2023

10.7606/j.issn.1000-4025.2023.11.1855

西北植物学报
西北农林科技大学,陕西省植物学会

西北植物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.031
ISSN：1000-4025
年,卷(期)：2023.43(11)
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