摘要
以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析.结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构,总GC含量37.2％,长153 959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83 844 bp、小单拷贝(SSC)区17 083 bp和2个反向重复(IR)区26 516 bp;共注释得到124个基因,包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA.(2)序列共鉴定到169个SSR位点,以A、T组成为主,包括129个单核苷酸、18个双核苷酸、11个三核苷酸、9个四核苷酸和2个五核苷酸,六核苷酸SSR未检测到;边界分析显示,茜草叶绿体基因组LSC区差异性最大,变异程度最高,而IRa区则差异性最小,最为保守.(3)最大似然法(ML)构建系统发育树显示,样品茜草与同属植物Rubia horrida以100％支持率聚为一类,茜草亚科、仙丹花亚科与金鸡纳亚科聚为姐妹类群,证明茜草科植物在进化过程中保守发育.
基金项目
陕西省教育厅项目(19JK0225)
陕西省中医药局项目(2021-QYZL-02)
医疗服务与保障能力提升补助资金项目(中医药事业传承与发展部分)(2018)(财社[2018]43号)
陕西中医药大学"秦药"品质评价及资源开发学科创新团队项目(2019-QN01)
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