现代计算机2022，Vol.28Issue(5) ：32-37,45.DOI:10.3969/j.issn.1007-1423.2022.05.005

基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法

Hybrid Correcting Long-Read Error Algorithm Based on de Bruijn Graph and Sequence Alignment

刘刚
现代计算机2022，Vol.28Issue(5) ：32-37,45.DOI:10.3969/j.issn.1007-1423.2022.05.005
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基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法

Hybrid Correcting Long-Read Error Algorithm Based on de Bruijn Graph and Sequence Alignment

刘刚1
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作者信息

  • 1. 广西大学计算机与电子信息学院,南宁 530004
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摘要

第三代测序技术产生的长序列错误率非常高,现有的长序列纠错算法还有待进一步提升纠错质量.本文通过遍历k值可变de Bruijn图来扩展连接种子形成种子序列,使得序列路径覆盖长序列中未与短序列比对的区域;采用序列比对来纠正长序列与短序列对准的区域,并使用种子序列路径来纠正长序列未与短序列对准的区域.在模拟数据集和真实数据集上的实验结果表明,与已有的长序列混合纠错算法相比,本文的算法获得较高质量的纠错序列.

关键词

长序列纠错/混合纠错/序列比对/de/Bruijn图

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出版年

2022
现代计算机
中大控股

现代计算机

影响因子：0.292
ISSN：1007-1423
被引量1
参考文献量26
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