人参PR13基因克隆及其蛋白的生物信息学分析
Cloning of the PR13 gene of Panax ginseng and bioinformatic analysis of proteins
孙天霞 1吴剑 2杨子奇 3杨晓峰 3宋远航 4刘志美 3张淼 3邹明强 5惠歌 6张勋4
作者信息
- 1. 长春中医药大学吉林省人参科学研究院,吉林省长春市 130117
- 2. 长春国际旅行卫生保健中心(长春海关口岸门诊部)吉林省长春市 130062
- 3. 长春中医药大学,吉林省长春市 130117
- 4. 长春海关技术中心,吉林省长春市 130062
- 5. 中国检验检疫科学技术研究院,北京市 100176
- 6. 长春中医药大学吉林省人参科学研究院,吉林省长春市 130117;长春中医药大学,吉林省长春市 130117
- 折叠
摘要
目的:预测分析PR13的结构及功能,方法:使用MEGA X,Expasy-ProtParam,ExPASy-ProtScale,SignaIP-5.0,TMHMM Servery 2.0,InterPro,STRING,SOPMA,Cell-PLoc 2.0及Discovery Studio 2019 Client软件进行分析.结果:结果表明:PR13分子量是 8213.73 Da,且为含有信号肽的亲水性蛋白,无跨膜结构;在结构上,以α-螺旋(约 38.67%)和不规则卷曲(约 44.00%)为主,少量的β-折叠(6.67%)和延长链(10.67%),在系统进化树上与非人参的PR13不在同一分支上.经GO注释后,PR13是其他有机体细胞的清除器,能防御真菌及其他的生物的一种外泌体.结论:该生物信息学分析结果可为人参 PR13 蛋白与病原菌的互作及非生物胁迫的抗性机理和人参抗胁迫品种的选育和改良提供理论依据.
Abstract
To predict the structures and functions of PR13 by Method using MEGA X,Expasy-ProtParam,ExPASy-ProtScale,SignaIP-5.0,TMHMM Servery 2.0,InterPro,STRING,SOPMA,Cell-PLoc 2.0,Discovery Studio 2019 Client.Result The result showed that the molecular weight of PR13 was 8213.73 Da,furthermore,PR13 was identified as a hydrophilic basic protein which contained signal peptides,but without transmembrane structures.About secondary structure,it contained many structures of α-helices(38.67%)and irregular coils(44.00%),and some of β-Fold(6.67%)Extend Chain(10.67%).Following Gene Ontology(GO)annotation,PR13 is a killing of cells of another organism,defense to fungus or others and extracellular region.And the three-dimensional structure of proteins was drawn.Conclusion The study provides a theoretical basis for further study on mechanism of PR proteins and breeding of Panax ginseng.
关键词
病程相关蛋白/系统发育树/生物信息学分析Key words
Pathogenesis related protein/Phylogenetic tree/Bioinformatics analysis引用本文复制引用
基金项目
吉林省科技发展计划项目(20240304117SF)
长春海关科技项目(CCHG2023KY04)
中国海关科学技术研究中心研课(2023HX07)
&&(YDZJ202301ZYTS204)
&&(2024031)
出版年
2024
国家科技期刊平台
NSTL
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