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油茶转录组测序与SSR特征分析

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以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价.结果表明:油茶转录组中发现104515个SSR,分布在80724条Unigene中,分布密度为1/1.48 kb,平均出现频率为33.58％.主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸,A/T和AG/CT是优势重复基元,重复比例最高的是10次.基序长度主要分布在12～20 bp之间,占总数的51.71％.油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、 丰富的类型和较好的多态性潜力.
Transcriptome Sequencing and Analysis of SSR Characteristics of Camellia oleifera

张震、许彦明、陈永忠、李志钢、王湘南、陈隆升、彭邵锋马、力王、瑞李美群、唐炜、彭映赫、Peng Yinghe

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湖南省林业科学院, 国家油茶工程技术研究中心, 湖南 长沙410004

油茶 转录组 测序 SSR特征

湖南省林业科技计划项目

XKL201707

2018

西南林业大学学报
西南林业大学

西南林业大学学报

CSTPCD北大核心
影响因子：0.773
ISSN：2095-1914
年,卷(期)：2018.38(6)
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