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复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析

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为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析.结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.27％)＞GC2(39.49％)＞GC3(29.84％),且有29个密码子RSCU＞1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾.有效密码子数ENC值在36～61之间,密码子使用偏性较弱.ENC与GC3间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性.中性分析结果显示,GC3与GC12间无显著的相关关系(r=0.198,P＞0.05),回归系数为0.2652,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响.ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响.综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响.最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA 共 12 个为最优密码子.
Analysis of Codon Usage Bias in the Chloroplast Genome of Koelreuteria bipinnata

肖明昆、聂恺宏、沈绍斌、刘倩、段春芳、李月仙、张林辉

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云南省农业科学院热带亚热带经济作物研究所,云南保山678000

四川省广元市昭化区林业局,四川广元628000

复羽叶栾树 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子

国家中医药管理局全国中药资源普查项目

GZY-KJS-2018-004

2023

10.11929/j.swfu.202111031

西南林业大学学报
西南林业大学

西南林业大学学报

CSTPCD北大核心
影响因子：0.773
ISSN：2095-1914
年,卷(期)：2023.43(5)
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