密码子简并性特征造成了不同物种密码子使用偏好性不同.在对牦牛功能基因组学研究的基础上,利用EMBOSS中的CUSP程序、SMS2中的Codon Usage程序和软件CodonW对牦牛功能基因的41条CDS序列进行了密码子偏好性的分析,并与人、普通牛,猪等物种进行了比较基因组学研究.结果显示:TTC、TTG、CTC、CTG、ATT、GGA、GGG等27个密码子为牦牛的偏好性密码子.研究结果为以后进一步开展牦牛新基因的发现、功能基因表达调控研究、蛋白质结构和功能的预测以、与其他牛种的比较基因组学研究以及牦牛分子标记育种等工作,提供了理论基础.
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