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“红阳”猕猴桃全基因组SSR标记与基因密码子偏性分析

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[目的]为“红阳”猕猴桃种质资源鉴定与分子标记进行辅助育种提供理论基础.[方法]基于红阳猕猴桃全基因组数据,对其进行SSR标记分析以及基因密码子偏性分析.通过生物信息学方法,分别以全基因组及碱基数不小于300 bp的蛋白质编码序列为研究对象,利用GMATA、CodonW和SPSS对红阳猕猴桃进行SSR标记与基因密码子使用偏性分析.[结果]扫描红阳猕猴桃全基因组得到的247 012个SSR单元中,二核苷酸重复单元最多,占87.7％;长度为10 bp的SSR占比最高,为33.4％.红阳猕猴桃基因的GC平均含量、GC12含量和GC3含量分别为47.10％、47.6％和45.87％;红阳猕猴桃的密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用模式差异较大,与毕赤酵母较接近;中性作图表明,GC3s与GC12无明显相关性;ENC作图表明,大部分基因位于曲线周围;红阳猕猴桃28个最优密码子中,除CGA以A结尾外,其他密码子均以C或G结尾,说明红阳猕猴桃最优密码子偏好使用以C/G结尾的密码子.[结论]红阳猕猴桃全基因组具有丰富的SSR位点,可用于高效、快速地进行SSR引物的开发.红阳猕猴桃基因密码子使用模式受压力突变和自然选择等多重因素的影响;选取毕赤酵母作为红阳猕猴桃基因的异源表达宿主较合适.
Genome-wide Analysis of SSR Markers and Codon Bias of Actinidia chinensis cv.Hongyang

王宇、唐冬梅、仲伟敏、马玉华、张敏

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贵州省农业科学院果树科学研究所,贵州贵阳550006

红阳猕猴桃 SSR标记 密码子偏性

贵州省农业科学院自主创新科研专项“贵州省落叶果树特色种质资源收集保存和创新利用”[黔农科院自主创新科研专项字(2014)08]贵州省农业科学院院专项“猕猴桃品种资源的引进,收集和评价”贵州省科技厅项目贵州省科技厅项目

2013014黔科合LH字20147710黔科中引地20184002

2020

西南农业学报
四川,云南,贵州,广西,西藏及重庆省（区,市）农科院

西南农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.679
ISSN：1001-4829
年,卷(期)：2020.33(5)
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