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单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法

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单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展，在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步，单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高，标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而，目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法，简要介绍了相关算法和工具，并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景，旨在为研究人员分析数据时提供指导，推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。
Processing pipelines and analytical methods for single-cell DNA methylation sequencing data
Single-cell DNA methylation sequencing technology has seen rapid advancements in recent years,playing a crucial role in uncovering cellular heterogeneity and the mechanisms of epigenetic regulation.As sequencing technologies have progressed,the quality and quantity of single-cell methylation data have also increased,making standardized preprocessing workflows and appropriate analysis methods essential for ensuring data comparability and result reliability.However,a comprehensive data analysis pipeline to guide researchers in mining existing data has yet to be established.This review systematically summarizes the preprocessing steps and analysis methods for single-cell methylation data,introduces relevant algorithms and tools,and explores the application prospects of single-cell methylation technology in neuroscience,hematopoietic differentiation,and cancer research.The aim is to provide guidance for researchers in data analysis and to promote the development and application of single-cell methylation sequencing technology.

single-cell methylation sequencingepigeneticsdata preprocessingdata analysis

王艳妮、李佳

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广州实验室,广州 510200

广州医科大学,呼吸疾病全国重点实验室,广州 510200

广州医科大学附属肿瘤医院,肿瘤研究所,广州 510200

单细胞DNA甲基化测序 表观遗传学 预处理 数据分析

国家自然科学基金项目农村和社会发展科技处/广州医科大学/广州医科大学附属第一医院重点研发计划广州国家实验室专项项目呼吸疾病国家重点实验室自主开放课题项目广州医科大学/附属肿瘤医院科研能力提升项目呼吸疾病全国重点实验室自主课题基金

823701482024B03J0046GZNL2023A02003J1911200620230202-410-2302244XMSKLRD-Z-202307

2024

10.16288/j.yczz.24-154

遗传
中国遗传学会 中国科学院遗传与发育生物学研究所

遗传

CSTPCD北大核心
影响因子：1.082
ISSN：0253-9772
年,卷(期)：2024.46(10)