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籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性

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利用籼稻品种93-11的全基因组序列及相应的EST数据,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析.指出93-11基因的表达水平(mRNA丰度)与3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著(r=0.227**,0.145**和-0.147**),表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大;基因长度与CAI和CPP极显著负相关(r=-0.413**和-0.480**),与ENC极显著正相关(r=0.210**),暗示较短的基因具有更高的转录活性;编码区G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度,G+C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达0.877**,0.832**和-0.740**;起始编码区内A、T、C、G 4种碱基呈明显的3周期振荡,尤以ATG下游第一个密码子所在的3个位点(+4、+5和+6)偏置最强烈,由此认为在这3个特殊位点有较高的自然选择压存在;93-11中25个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义.
Synonymous Codon Usage Bias in the Rice Cultivar 93-11 (Oryza sativa L.ssp.indica)

刘庆坡、谭军、薛庆中

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浙江大学农业与生物技术学院农学系,杭州,310029

杭州华大基因研发中心,杭州,310007

水稻 同义密码子使用偏性 基因表达水平 基因长度 编码区G+C含量 起始编码区 最优密码子

国家自然科学基金浙江省资助项目"8812"项目

3987042

2003

遗传学报
中国遗传学会 中国科学院遗传与发育生物学研究所

遗传学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.821
ISSN：1673-8527
年,卷(期)：2003.30(4)
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