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基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析

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鉴定银杏花芽分化调控的关键基因,揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制,为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导.本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期(花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期)的样品进行转录组测序,并分析数字表达谱,筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR(RT-qPCR)表达验证.转录组测序共产生27.52 Gb原始数据,注释到8大功能数据库(GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG)上的unigene总数为35 179个.通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径.差异表达基因分析显示,花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调,2 032个基因下调;花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调,1 901个基因下调;花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865个基因上调,2 042个基因下调.发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径(光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径).筛选出gene.Gb_17 618(GI序列)、gene.Gb_19790 (FT/TFL1序列)、gene.Gb_16301(AG序列)、gene.Gb_28337(花发育MADS-box序列)、gene.Gb 01884 (SOC1序列)和gene.Gb_41704(CO序列)等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列,荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致.
Screening and Expression Analysis of Related Genes Based on Transcriptome Sequencing of Ginkgo Flower Buds at Three Differentiation Stages

何崇单、蔡雨蒙、李萌、董金金、刘伟、王俊燚、王义强

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中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室,长沙410004

中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室,长沙410004

银杏 转录组测序 开花调控 GI FT/TFL1 SOC1

国家自然科学基金国家重点研发计划项目

315706822017YFD0600701

2018

园艺学报
中国园艺学会 中国农业科学院蔬菜花卉研究所

园艺学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.127
ISSN：0513-353X
年,卷(期)：2018.45(8)
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