摘要
背景与目的:BEAMing微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)被认为是灵敏度极高的基因突变检测方法,探讨该方法和扩增阻碍突变系统(Super amplification refractory mutation system,Super ARMS)检测表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者后循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)EGFR基因突变的灵敏度差异,进而为指导临床ctDNA检测方法的选择提供更多参考.方法:收集复旦大学附属肿瘤医院2017—2018年接受过EGFR TKI治疗的NSCLC患者血浆33例及国家病理质控评价中心(Pathology Quality Control Center,PQCC)模拟血浆10例,采用凯杰血浆游离核酸纯化试剂盒进行循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)提取,分别用ddPCR和Super ARMS方法进行EGFR基因19 del、T790M和L858R突变检测,两种结果进行对比和统计学分析.结果:33例临床样本应用两种方法检测19 del、T790M和L858R突变,阳性率分别为27.3％vs 27.3％(P=1.00)、42.4％vs 27.3％(P=0.23)和27.3％vs 27.3％(P=1.00).10例PQCC样本结果与标准结果相比,ddPCR检测T790M符合率显著高于Super ARMS(P=0.01).ddPCR和Super ARMS检测T790M的样本突变丰度范围分别为0.04％～7.66％和0.05％～7.66％.11例T790M ddPCR(+)/Super ARMS(-)的平均突变丰度为0.19％(0.04％～0.76％),与10例Super ARMS(+)平均突变丰度[1.73％(0.05％～7.66％)]差异有统计学意义(P=0.03).EGFR TKI耐药突变T790M突变丰度在0.01％～0.20％、0.20％～1.00％和>1.00％区间的分布分别为42.9％、14.2％和42.9％.结论:BEAMing ddPCR法较Super ARMS法具有更高的灵敏度,可检出更多T790M耐药患者,可能为更多患者选择最有效的靶向治疗方案提供参考.
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