中国癌症杂志2023，Vol.33Issue(7) ：637-645.DOI:10.19401/j.cnki.1007-3639.2023.07.001

肺腺癌中可变剪接调控因子KHSRP调控的差异剪接基因分析

Analysis of differential splicing gene by regulation of splicing regulatory protein KHSRP in lung adenocarcinoma

刘晓丽 柴文君 孙磊 闫明霞 潘洪玉 孙跃喜
中国癌症杂志2023，Vol.33Issue(7) ：637-645.DOI:10.19401/j.cnki.1007-3639.2023.07.001
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肺腺癌中可变剪接调控因子KHSRP调控的差异剪接基因分析

Analysis of differential splicing gene by regulation of splicing regulatory protein KHSRP in lung adenocarcinoma

刘晓丽 1柴文君 1孙磊 1闫明霞 1潘洪玉 1孙跃喜2
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作者信息

  • 1. 复旦大学附属肿瘤医院肿瘤研究所,复旦大学上海医学院肿瘤学系,上海 200032
  • 2. 同济大学附属同济医院急诊医学科,上海 200065
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摘要

背景与目的:可变剪接在细胞增殖、生长、凋亡及分化等复杂的蛋白质功能调控中发挥着至关重要的作用,能参与包括肿瘤在内的多种疾病的发生、发展过程,目前大多数可变剪接调控因子的功能及其作用机制尚不清楚.本研究旨在探讨KH型剪接调控蛋白(KH-type splicing regulatory protein,KHSRP)在肺腺癌中的差异剪接靶基因及靶基因的表达与患者预后及免疫细胞功能的相关性.方法:通过高通量可变剪接测序,筛选KHSRP下游差异剪接靶基因.通过肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource,TIMER)和阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham cancer data analysis portal,ULCAN)分析KHSRP下游差异剪接靶基因在肺腺癌中的表达.通过Kaplan数据库分析KHSRP下游差异剪接靶基因的表达与患者预后的相关性.通过TIMER免疫模块分析KHSRP下游差异剪接靶基因与免疫细胞功能的相关性.结果:NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的下游关键可变剪接靶基因.NUMB、ADD3及LIMCH1在肺腺癌肿瘤组织中均呈低表达,其低表达者预后不良.NUMB、ADD3及LIMCH1与免疫细胞功能呈正相关.结论:在肺腺癌中,NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的差异剪接靶基因,且NUMB、ADD3及LIMCH1低表达会导致预后不良,并且与免疫细胞功能呈正相关.

关键词

肺腺癌/KH型剪接调控蛋白/可变剪接/差异剪接靶基因

Key words

Lung adenocarcinoma/KH-type splicing regulatory protein/Variable splicing/Differential splicing target genes

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基金项目

国家自然科学基金面上项目(81972173)

国家自然科学基金面上项目(82273371)

出版年

2023
中国癌症杂志
复旦大学附属肿瘤医院

中国癌症杂志

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：2.015
ISSN：1007-3639
参考文献量1
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